文化部16，運動部19，同好会5と多くのクラブがあり，ほとんどの生徒が所属しています。部活動においても，自主自立の精神は尊重され，意欲的・自主的に行われています。運動部では， 全国大会ベスト8，国体出場の経験を持つ軟式野球部や高校総体出場経験の多い水泳部・陸上部，常に都のトップクラスのレベルを持つサッカー部・女子ソフトテニス部・男子バレー部等， いずれのクラブも短時間ながら充実した活動をしています。文化部でも音楽系クラブの外部での定期演奏会，化学研究会の外部発表会での実績等，様々な形で活躍しています。
＜文化部＞音楽研究会・吹奏楽・ 軽音楽・フォークソング・美術・華道・天文研究会・化学研究会・
生物研究会・漫画・演劇・茶道・英語研究会・ 小石川フィルハーモニーオーケストラ・パソコン・映画
＜運動部＞サッカー・ラグビー・ソフトテニス（男・女）・ 硬式テニス・軟式野球・男子バスケット・女子バスケット・男子バレー・女子バレー・バドミントン・陸上競技・水泳・卓球・ 柔道・剣道・体操（ダンス）・ラクロス・ワンダーフォーゲル
＜同好会＞ハンドボール・料理・将棋チェス・競技かるた・ 落語研究会